1985年原成都科技大学化工系创建了生物化学工程（生物化工）专业，于1986年开始招生，是全国首批具有该专业的院校之一。1990年开始培养研究生。1998年教育部进行本科专业调整，以生物化工专业为基础，发展成生物工程专业。2001年由化工系并入新建立的制药与生物工程系，建制为生物工程教研室和生物工程专业实验室。本专业已拥具有1个博士后流动站，1个二级学科博士授权点、1个硕士授权点和1个工程硕士授权点，现有专职博士生导师5人，硕士生导师12人，在校硕博士生及工程硕士30余人。
研究方向：
生物产业化技术研究与开发
生物分离技术
生物发酵及基因工程
生物反应器与膜技术
工业微生物与环境生物工程
可再生资源利用与开发
生物材料
主干课程：
高等生物化学、工业微生物学、环境微生物工程、微生物代谢调控、生物催化技术、生化反应器及现代发酵工程、生物分离新技术、天然产物技术等。
